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突触素Ⅰ与丙烯酰胺相互作用模式研究

杨义光;陈宵;张意;蔡文健;李忠生;肖经纬;李斌

摘要: 目的 通过同源模建方法获得突触素Ⅰ蛋白(synapsinⅠ,SynⅠ)功能域的三维结构,采用分子对接、分子动力学模拟方法研究小分子丙烯酰胺(acrylamide,ACR)与SynⅠ蛋白相互作用模式及结合位点,提供ACR对SynⅠ蛋白损伤作用机制的证据.方法 使用Dock 6.7分子对接程序和AmberTools15分子动力学模拟程序包进行计算模拟.结果 分子对接计算表明ACR和蛋白质间存在3种不同模式(体系Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ).分子动力学模拟将结合模式缩减至2种:小分子以体系Ⅰ方式与蛋白质结合力强,其中氨基酸残基Asn214、Ser390和Ser391的作用力贡献较为突出;体系Ⅱ、Ⅲ为相同结合模式有异于体系Ⅰ,可能同时存在另一种结合模式,其中Glu373和Lys225的作用较为明显.结果提示,氢键、静电力和范德华力及钙离子(Ca2+)对两者的结合具有重要作用.3种模式均致口袋形状增大,Ca2+结合变弱,水溶剂分子更容易进入口袋,为后续化学反应创造环境.结论 在分子动力学模拟中,ACR在Ca2+存在条件下与SynⅠ功能域相互作用,体系Ⅰ中结合位点为氨基酸残基Asn214、Ser390和Ser391,体系Ⅱ、Ⅲ的结合位点为氨基酸残基Glu373和Lys225,且SynⅠ蛋白在与小分子结合后构象发生变化.本研究对ACR所致SynⅠ蛋白相关性神经损伤机制的进一步研究具有一定的提示作用.

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