BMC BIOINFORMATICS一审周期

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癌症预后预测的通路和基因水平模型的比较。

Abstract:

背景: 癌症预后预测对于患者和临床医生来说是有价值的，因为它允许他们适当地管理护理。提高基于表达的预测模型的性能和解释的一个有前途的方向涉及将基因水平的数据聚集到生物通路中。虽然许多研究使用通路水平的预测因子进行癌症生存分析，但尚未对通路水平和基因水平的预后模型进行全面比较。为了解决这一差距，我们描述了使用癌症基因组图谱 (TCGA) 中癌症的通路或基因水平预测因子构建的惩罚 Cox 比例风险模型的性能和来自分子签名数据库 (MSigDB) 的通路。结果: 当分析 TCGA 数据时，我们发现通路水平模型比具有相似预测性能的基因水平模型更吝啬、更稳健、更计算效率和更容易解释。例如，对于 TCGA 胶质瘤队列，通路水平和基因水平模型的平均 Cox 一致性指数均为 ~ 0.85, 基因水平模型平均具有两倍的预测因子，跨交叉验证折叠的预测因子组成不太稳定，与通路水平模型相比，估计所需时间为 40 倍。当数据的复杂相关结构被排列打破时，通路级模型具有更大的预测性能，同时仍然保留了优越的解释力、鲁棒性、相对于基因水平模型的简约性和计算效率。例如，使用从不相关的基因表达数据模拟的生存时间，通路水平模型的平均一致性指数增加到 0.88，而基因水平模型下降到 TCGA 胶质瘤队列的 0.56。结论: 本研究结果表明，当基因表达值之间的相关性较低时，通路水平分析可以产生更好的预测性能，更大的解释力, 相对于基因水平模型，模型更稳健，计算成本更低。当基因之间的相关性较高时，与基因水平分析相比，通路水平分析提供了等效的预测能力，同时保留了可解释性、稳健性和计算效率的优势。

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BMC BIOINFORMATICS

最新影响因子：3.307	期刊ISSN：1471-2105	CiteScore：2.49
出版周期：Monthly	是否OA：YES	出版年份：2000

期刊官方网址：http://www.biomedcentral.com/bmcbioinformatics

自引率：6.50%	研究方向：生物-生化研究方法
出版地区：ENGLAND

SCI期刊coverage：Science Citation Index Expanded（科学引文索引扩展）

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BMC BIOINFORMATICS 期刊简介

英文简介：

BMC Bioinformatics is an open access, peer-reviewed journal that considers articles on all aspects of the development, testing and novel application of computational and statistical methods for the modeling and analysis of all kinds of biological data, as well as other areas of computational biology.

中文简介：（来自Google、百度翻译）

BMC生物信息学是一种开放获取、同行评审的期刊，它考虑了计算和统计方法的开发、测试和新应用的各个方面的文章，用于建模和分析各种生物数据，以及计算生物学的其他领域。

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BMC BIOINFORMATICS 期刊CiteScore评价数据

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序号	类别	排名	百分位
1	大类(学科)：Biochemistry, Genetics and Molecular Biology 小类(学科)：Structural Biology	#19/48 点击查看排名表	61th
2	大类(学科)：Biochemistry, Genetics and Molecular Biology 小类(学科)：Biochemistry	#179/402 点击查看排名表	55th
3	大类(学科)：Biochemistry, Genetics and Molecular Biology 小类(学科)：Molecular Biology	#195/366 点击查看排名表	46th
4	大类(学科)：Computer Science 小类(学科)：Computer Science Applications	#130/535 点击查看排名表	75th
5	大类(学科)：Mathematics 小类(学科)：Applied Mathematics	#43/423 点击查看排名表	89th

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BMC BIOINFORMATICS 投稿经验

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暂无
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暂无

年度总发文量	年度论文发表量	年度综述发表量
570	570	0

#19 48	BMC BIOINFORMATICS	2.49	第61百分位
排名	来源出版物名称	CiteScore2017	百分位
#1	Acta Crystallographica Section A: Foundations and Advances	12.82	第98百分位
#2	Annual Review of Biophysics	11.78	第96百分位
#3	Nature Structural and Molecular Biology	9.53	第94百分位
#4	Current Protocols in Bioinformatics	7.23	第92百分位
#5	Current Opinion in Structural Biology	6.49	第90百分位
#6	Biochimica et Biophysica Acta - Gene Regulatory Mechanisms	5.25	第88百分位
#7	BMC Biology	5.20	第86百分位
#8	Journal of Molecular Biology	4.29	第84百分位
#9	Structure	4.16	第82百分位
#10	Traffic	4.14	第80百分位
#11	International Journal of Biological Macromolecules	4.11	第78百分位
#12	Computational and Structural Biotechnology Journal	3.94	第76百分位
#13	Biomolecular Detection and Quantification	3.48	第73百分位
#14	FEBS Letters	3.43	第71百分位
#15	Journal of Structural Biology	3.18	第69百分位
#16	Acta Crystallographica Section D: Structural Biology	2.98	第67百分位
#17	Journal of the American Society for Mass Spectrometry	2.61	第65百分位
#18	Cytoskeleton	2.60	第63百分位
#19	BMC Bioinformatics	2.49	第61百分位
#20	BMC Systems Biology	2.36	第59百分位
#21	Proteins: Structure, Function and Genetics	2.29	第57百分位
#22	Journal of Biomolecular Structure and Dynamics	2.28	第55百分位
#23	Biophysical Reviews	2.19	第53百分位
#24	Bioarchitecture	2.14	第51百分位
#25	Journal of Peptide Science	2.10	第48百分位
#26	Journal of Molecular Recognition	2.05	第46百分位
#27	Advances in Protein Chemistry and Structural Biology	2.00	第44百分位
#28	Algorithms for Molecular Biology	1.92	第41百分位
#29	Micron	1.92	第41百分位
#30	Clinical Research in Cardiology Supplements	1.91	第38百分位
#31	Molecular Informatics	1.86	第36百分位
#32	BMC Structural Biology	1.79	第34百分位
#33	Computational Biology and Chemistry	1.55	第32百分位
#34	Physical Biology	1.54	第30百分位
#35	Crystallography Reviews	1.53	第28百分位
#36	Microscopy (Oxford, England)	1.52	第26百分位
#37	Current Protocols in Protein Science	1.25	第23百分位
#38	Cell Health and Cytoskeleton	1.10	第21百分位
#39	AIMS Biophysics	1.07	第18百分位
#40	Protein and Peptide Letters	1.07	第18百分位
#41	Journal of Structural and Functional Genomics	1.04	第15百分位
#42	Canadian Entomologist	0.96	第13百分位
#43	Acta Crystallographica Section F:Structural Biology Communications	0.93	第11百分位
#44	Digest Journal of Nanomaterials and Biostructures	0.80	第9百分位
#45	Ultrastructural Pathology	0.79	第7百分位
#46	Molecular Biology	0.57	第5百分位
#47	Biomolecular NMR Assignments	0.43	第3百分位
#48	Acta Anatomica Sinica	0.07	第1百分位

癌症预后预测的通路和基因水平模型的比较。