Rainbow-KSHV Revealed Heterogenic Replication with Dynamic Gene Expression.

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Abstract:

:Molecular mechanisms of Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus (KSHV) reactivation have been studied primarily by measuring the total or average activity of an infected cell population, which often consists of mixture of both non-responding and reactivating cells that in turn contain KSHVs at various stages of replication. Studies on KSHV gene regulation at individual cell level would allow us to better understand the basis for this heterogeneity, and new preventive measures could be developed based on findings from non-responding cells exposed to reactivation stimuli. Here we generated a recombinant reporter-virus that we named "Rainbow-KSHV", which encodes three fluorescence-tagged KSHV proteins (mBFP2-ORF6, mCardinal-ORF52, and mCherry-LANA). Rainbow-KSHV replicated similarly to a prototype reporter-KSHV, KSHVr.219 and wild type BAC16 virus. Live imaging revealed unsynchronized initiation of reactivation and KSHV replication with diverse kinetics between individual cells. Cell fractionation revealed temporal gene regulation, in which early lytic genes expression was terminated in late protein expressing cells. Finally, isolation of fluorescence positive cells from non-responders increased dynamic ranges of downstream experiments for 10-fold. This study thus demonstrates a tool to examine heterogenic responses of KSHV reactivation for deeper understanding of KSHV replication.IMPORTANCE Sensitivity and resolution of molecular analysis are often compromised by the use of techniques that measure the ensemble average of large cell populations. Having a research tool to nondestructively identify the KSHV replication stage in an infected cell would not only allow us to effectively isolate cells of interest from cell populations, but also enable more precise sample selection for advanced single cell analysis. We prepared a recombinant KSHV that can report on its replication stage in host cells by differential fluorescence emission. Consistent with previous host gene expression studies, our experiments reveal the highly heterogenic nature of KSHV replication/gene expression at individual cell levels. The utilization of newly developed reporter-KSHV and initial characterization of KSHV replication in single cells are presented.

Rainbow-KSHV 揭示了基因表达动态的异源复制。

c

摘要:

: 卡波西肉瘤相关疱疹病毒 (KSHV) 再激活的分子机制主要通过测量感染细胞群的总或平均活性来研究, 它通常由无反应和再激活细胞的混合物组成,反过来在复制的不同阶段含有 KSHVs。在单个细胞水平上对 KSHV 基因调控的研究将使我们更好地理解这种异质性的基础, 根据暴露于再激活刺激的无反应细胞的发现,可以开发新的预防措施。这里我们产生了一种重组报告病毒,我们命名为 “Rainbow-KSHV”,它编码三种荧光标记的 KSHV 蛋白 (mBFP2-ORF6 、 mCardinal-ORF52 和 mCherry-LANA)。Rainbow-KSHV 与原型报告基因-KSHV 、 KSHVr.219 和野生型 BAC16 病毒复制相似。实时成像显示再激活和 KSHV 复制的启动不同步,单个细胞之间具有不同的动力学。细胞分级揭示了时间基因调控,其中早期裂解基因表达在晚期蛋白表达细胞中终止。最后,从无应答者分离荧光阳性细胞使下游实验的动态范围增加了 10 倍。因此,本研究展示了一种检查 KSHV 再激活异源反应的工具,以便更深入地了解 KSHV 复制。分子分析的重要性、灵敏度和分辨率往往因使用测量大细胞群集合平均值的技术而受到损害。有一个研究工具来无损地鉴定感染细胞中的 KSHV 复制阶段不仅可以让我们有效地从细胞群体中分离出感兴趣的细胞, 而且还可以为先进的单细胞分析提供更精确的样品选择。我们制备了一种重组 KSHV,可以通过差分荧光发射报道其在宿主细胞中的复制阶段。与以往的宿主基因表达研究一致,我们的实验揭示了 KSHV 复制/基因表达在单个细胞水平上的高度异质性。介绍了新开发的报告基因-KSHV 的利用和 KSHV 在单细胞中复制的初步表征。

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JOURNAL OF VIROLOGY

研究方向:医学-病毒学
IF:5.103
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The Journal of Virology is the best source of broad-based, high-quality, original research concerning viruses. The journal provides fundamental new information using cross-disciplinary approaches of biochemistry, biophysics, cell biology, genetics, immunology, molecular biology, morphology, physiology, and pathogenesis and immunity.

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《病毒学杂志》是关于病毒的基础广泛、高质量、原始研究的最佳来源。该杂志利用生物化学、生物物理学、细胞生物学、遗传学、免疫学、分子生物学、形态学、生理学、发病机制和免疫学等跨学科方法提供了基本的新信息。

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Virologica Sinica 1.38 第20百分位
#155
International Journal of Interferon, Cytokine and Mediator Research 1.33 第19百分位
#156
Viral Immunology 1.32 第19百分位
#157
Allergologia et Immunopathologia 1.25 第18百分位
#158
Bone Marrow Research 1.25 第18百分位
#159
Folia Biologica 1.23 第17百分位
#160
Journal of the International Association of Providers of AIDS Care 1.19 第17百分位
#161
Asian Pacific Journal of Allergy and Immunology 1.13 第16百分位
#162
Vaccine Reports 1.08 第16百分位
#163
Immunology and Immunogenetics Insights 1.00 第15百分位
#164
Virus Adaptation and Treatment 1.00 第15百分位
#165
Monoclonal Antibodies in Immunodiagnosis and Immunotherapy 0.97 第14百分位
#166
International Journal of Immunogenetics 0.95 第14百分位
#167
Iranian Journal of Immunology 0.90 第13百分位
#168
Annals of Clinical and Laboratory Science 0.84 第13百分位
#169
HLA 0.75 第12百分位
#170
Anti-Inflammatory and Anti-Allergy Agents in Medicinal Chemistry 0.66 第12百分位
#171
Journal of Immunoassay and Immunochemistry 0.64 第11百分位
#172
European Journal of Inflammation 0.55 第11百分位
#173
Japanese Journal of Clinical Immunology 0.45 第10百分位
#174
Clinical and Experimental Neuroimmunology 0.44 第10百分位
#175
Advances in Neuroimmune Biology 0.41 第9百分位
#176
Revista Cubana de Hematologia, Inmunologia y Hemoterapia 0.40 第9百分位
#177
VacciMonitor 0.39 第8百分位
#178
Medical Immunology (Russia) 0.30 第7百分位
#179
Journal of Bacteriology and Virology 0.25 第7百分位
#180
Current Trends in Immunology 0.23 第6百分位
#181
Current Immunology Reviews 0.18 第6百分位
#182
Revista Portuguesa de Imunoalergologia 0.13 第5百分位
#183
Rheumatology Reports 0.10 第5百分位
#184
Chinese Journal of Biologicals 0.09 第4百分位
#185
Chinese Journal of Microbiology and Immunology 0.08 第4百分位
#186
Turkish Journal of Immunology 0.07 第3百分位
#187
Vacunas 0.06 第3百分位
#188
Handbook of Systemic Autoimmune Diseases 0.05 第2百分位
#189
Pediatric Hematology/Oncology and Immunopathology 0.05 第2百分位
#190
Vakcinologie 0.04 第1百分位
#191
Applied Clinical Research, Clinical Trials and Regulatory Affairs 0.00 第0百分位
#192
Asim, Allerji, Immunoloji 0.00 第0百分位
#193
Research Journal of Immunology 0.00 第0百分位
aaa
#2 136
JOURNAL OF VIROLOGY 4.24 第98百分位
排名
来源出版物名称 CiteScore2017 百分位
#1
Annual Review of Entomology 13.93 第99百分位
#2
Journal of Virology 4.24 第98百分位
#3
Insect Biochemistry and Molecular Biology 3.82 第98百分位
#4
Current Opinion in Insect Science 3.64 第97百分位
#5
Systematic Entomology 3.57 第96百分位
#6
Pest Management Science 3.37 第95百分位
#7
Advances in Insect Physiology 3.22 第94百分位
#8
NeoBiota 3.22 第94百分位
#9
Ticks and Tick-borne Diseases 2.84 第93百分位
#10
European Journal of Soil Biology 2.68 第92百分位
#11
Journal of Insect Physiology 2.68 第92百分位
#12
Insect Molecular Biology 2.67 第91百分位
#13
Journal of Experimental Biology 2.60 第90百分位
#14
Apidologie 2.52 第90百分位
#15
Acta Tropica 2.47 第89百分位
#16
Parasitology Research 2.46 第88百分位
#17
Biological Control 2.44 第87百分位
#18
Parasite 2.41 第87百分位
#19
Insect Conservation and Diversity 2.26 第86百分位
#20
Journal of Insects as Food and Feed 2.25 第85百分位
#21
Ecological Entomology 2.08 第84百分位
#22
Journal of Stored Products Research 2.04 第84百分位
#23
Arthropod Systematics and Phylogeny 2.02 第83百分位
#24
BioControl 2.02 第83百分位
#25
Experimental and Applied Acarology 1.90 第81百分位
#26
Insects 1.90 第81百分位
#27
Myrmecological News 1.88 第80百分位
#28
Medical and Veterinary Entomology 1.80 第79百分位
#29
Journal of Economic Entomology 1.79 第79百分位
#30
Arthropod Structure and Development 1.78 第77百分位
#31
Journal of Medical Entomology 1.78 第77百分位
#32
Arthropod-Plant Interactions 1.77 第76百分位
#33
Journal of Insect Conservation 1.76 第76百分位
#34
Insect Science 1.70 第75百分位
#35
Agricultural and Forest Entomology 1.67 第74百分位
#36
Bulletin of Entomological Research 1.66 第73百分位
#37
Environmental Entomology 1.63 第73百分位
#38
Insectes Sociaux 1.60 第72百分位
#39
Systematic and Applied Acarology 1.56 第71百分位
#40
Journal of Applied Entomology 1.52 第70百分位
#41
Entomologia Experimentalis et Applicata 1.49 第70百分位
#42
Entomologia Generalis 1.45 第69百分位
#43
Journal of Apicultural Research 1.44 第68百分位
#44
Archives of Insect Biochemistry and Physiology 1.38 第68百分位
#45
Journal of Arachnology 1.37 第67百分位
#46
Annals of the Entomological Society of America 1.36 第66百分位
#47
Genetica 1.32 第65百分位
#48
Austral Entomology 1.31 第65百分位
#49
Bulletin of Insectology 1.29 第64百分位
#50
Fly 1.27 第63百分位
#51
Bonn Zoological Bulletin 1.21 第62百分位
#52
European Journal of Entomology 1.20 第62百分位
#53
Journal of Insect Behavior 1.13 第61百分位
#54
Phytoparasitica 1.12 第60百分位
#55
International Journal of Pest Management 1.11 第59百分位
#56
Physiological Entomology 1.06 第59百分位
#57
Journal of Asia-Pacific Entomology 1.05 第58百分位
#58
Entomological Science 1.03 第57百分位
#59
Biocontrol Science and Technology 1.01 第56百分位
#60
Insect Systematics and Evolution 0.98 第56百分位
#61
International Journal of Acarology 0.97 第55百分位
#62
Canadian Entomologist 0.96 第54百分位
#63
Applied Entomology and Zoology 0.94 第52百分位
#64
Journal of Hymenoptera Research 0.94 第52百分位
#65
Journal of Pesticide Sciences 0.94 第52百分位
#66
Neotropical Entomology 0.94 第52百分位
#67
Entomologica Americana 0.93 第51百分位
#68
Journal of Apicultural Science 0.92 第50百分位
#69
Acta Entomologica Musei Nationalis Pragae 0.87 第49百分位
#70
Florida Entomologist 0.87 第49百分位
#71
Asian Myrmecology 0.85 第47百分位
#72
Journal of Insect Science 0.85 第47百分位
#73
Revista Brasileira de Entomologia 0.84 第46百分位
#74
Acarologia 0.81 第45百分位
#75
Journal of the American Mosquito Control Association 0.79 第45百分位
#76
Sociobiology 0.77 第44百分位
#77
Baltic Journal of Coleopterology 0.73 第43百分位
#78
Acarina 0.71 第42百分位
#79
Journal of Agricultural and Urban Entomology 0.71 第42百分位
#80
African Entomology 0.70 第40百分位
#81
International Journal of Tropical Insect Science 0.70 第40百分位
#82
Journal of Orthoptera Research 0.70 第40百分位
#83
Mitteilungen aus dem Museum fur Naturkunde in Berlin - Deutsche Entomologische Zeitschrift 0.69 第39百分位
#84
Arthropoda Selecta 0.66 第38百分位
#85
Journal of Asia-Pacific Biodiversity 0.64 第37百分位
#86
New Zealand Plant Protection 0.63 第37百分位
#87
Annales de la Societe Entomologique de France 0.59 第36百分位
#88
International Journal of Odonatology 0.57 第35百分位
#89
Ecologica Montenegrina 0.56 第33百分位
#90
Far Eastern Entomologist 0.56 第33百分位
#91
Odonatologica 0.56 第33百分位
#92
Records of the Australian Museum 0.56 第33百分位
#93
Entomological Research 0.53 第31百分位
#94
New Zealand Entomologist 0.53 第31百分位
#95
African Invertebrates 0.52 第29百分位
#96
Journal of Entomological Science 0.52 第29百分位
#97
Journal of Insect Biotechnology and Sericology 0.52 第29百分位
#98
Tijdschrift voor Entomologie 0.52 第29百分位
#99
Southwestern Entomologist 0.51 第27百分位
#100
Insecta Matsumurana 0.50 第26百分位
#101
Proceedings of the Entomological Society of Washington 0.46 第25百分位
#102
Turkiye Entomoloji Dergisi 0.46 第25百分位
#103
Halteres 0.44 第24百分位
#104
Aquatic Insects 0.42 第23百分位
#105
Acta Zoologica Bulgarica 0.41 第21百分位
#106
Arachnology 0.41 第21百分位
#107
Coleopterists Bulletin 0.41 第21百分位
#108
Entomotropica 0.41 第21百分位
#109
Journal of the Kansas Entomological Society 0.41 第21百分位
#110
Entomologica Fennica 0.39 第18百分位
#111
Outlooks on Pest Management 0.39 第18百分位
#112
Psyche (New York) 0.39 第18百分位
#113
Japanese Journal of Applied Entomology and Zoology 0.36 第16百分位
#114
Russian Entomological Journal 0.36 第16百分位
#115
Pan-Pacific Entomologist 0.35 第15百分位
#116
Arachnologische Mitteilungen 0.34 第14百分位
#117
Journal of Entomology 0.34 第14百分位
#118
Entomological News 0.33 第13百分位
#119
Fragmenta Entomologica 0.33 第13百分位
#120
Transactions of the American Entomological Society 0.32 第12百分位
#121
Nota Lepidopterologica 0.31 第11百分位
#122
Revista Colombiana de Entomologia 0.31 第11百分位
#123
Entomological Review 0.30 第9百分位
#124
Norwegian Journal of Entomology 0.29 第9百分位
#125
Journal of the Entomological Research Society 0.28 第8百分位
#126
Acta Phytopathologica et Entomologica Hungarica 0.25 第7百分位
#127
Australian Entomologist 0.24 第6百分位
#128
Oriental Insects 0.21 第5百分位
#129
SHILAP Revista de lepidopterologia 0.21 第5百分位
#130
Egyptian Journal of Biological Pest Control 0.20 第4百分位
#131
Journal of Research on the Lepidoptera 0.14 第4百分位
#132
Journal of Entomological and Acarological Research 0.11 第2百分位
#133
Journal of Entomological Research 0.11 第2百分位
#134
Bulletin Mensuel de la Societe Linneenne de Lyon 0.06 第1百分位
#135
American Bee Journal 0.01 第1百分位
#136
Serangga 0.00 第0百分位
aaa
#14 68
JOURNAL OF VIROLOGY 4.24 第80百分位
排名
来源出版物名称 CiteScore2017 百分位
#1
Cell Host and Microbe 11.62 第99百分位
#2
Trends in Microbiology 7.97 第97百分位
#3
Annual Review of Virology 6.29 第96百分位
#4
mBio 6.08 第94百分位
#5
PLoS Pathogens 6.05 第93百分位
#6
Advances in Virus Research 5.34 第91百分位
#7
Eurosurveillance 5.09 第90百分位
#8
Current Opinion in Virology 5.04 第88百分位
#9
Current HIV/AIDS Reports 5.01 第87百分位
#10
Emerging Microbes and Infections 4.65 第86百分位
#11
Cellular Microbiology 4.53 第84百分位
#12
Antiviral Research 4.39 第83百分位
#13
Reviews in Medical Virology 4.32 第81百分位
#14
Journal of Virology 4.24 第80百分位
#15
Current Opinion in HIV and AIDS 4.10 第78百分位
#16
Viruses 3.92 第77百分位
#17
The Lancet HIV 3.77 第75百分位
#18
Journal of Viral Hepatitis 3.65 第74百分位
#19
Epidemics 3.42 第72百分位
#20
Journal of NeuroVirology 3.19 第71百分位
#21
Retrovirology 3.16 第69百分位
#22
Virology 3.14 第68百分位
#23
Expert Review of Anti-Infective Therapy 2.97 第66百分位
#24
Gut Pathogens 2.87 第65百分位
#25
Topics in antiviral medicine 2.82 第63百分位
#26
Journal of Clinical Virology 2.79 第62百分位
#27
Journal of General Virology 2.68 第61百分位
#28
Virus Research 2.58 第59百分位
#29
HIV/AIDS - Research and Palliative Care 2.52 第58百分位
#30
Papillomavirus Research 2.47 第56百分位
#31
Virology Journal 2.43 第54百分位
#32
Virology: Research and Treatment 2.43 第54百分位
#33
American Journal of Tropical Medicine and Hygiene 2.42 第52百分位
#34
Journal of Interferon and Cytokine Research 2.40 第50百分位
#35
AIDS Research and Therapy 2.26 第49百分位
#36
Archives of Virology 2.25 第47百分位
#37
Vector-Borne and Zoonotic Diseases 2.25 第47百分位
#38
Food and Environmental Virology 2.18 第44百分位
#39
Advances in Virology 1.97 第42百分位
#40
Interdisciplinary Perspectives on Infectious Diseases 1.97 第42百分位
#41
Journal of Medical Virology 1.93 第40百分位
#42
Journal of Virological Methods 1.82 第38百分位
#43
Antiviral Chemistry and Chemotherapy 1.81 第37百分位
#44
AIDS Research and Human Retroviruses 1.67 第36百分位
#45
Virus Genes 1.65 第34百分位
#46
Current HIV Research 1.54 第33百分位
#47
Journal of Infection in Developing Countries 1.53 第30百分位
#48
Open AIDS Journal 1.53 第30百分位
#49
Microbiology and Immunology 1.49 第28百分位
#50
Virologica Sinica 1.38 第27百分位
#51
Intervirology 1.35 第25百分位
#52
Viral Immunology 1.32 第24百分位
#53
VirusDisease 1.21 第22百分位
#54
Current Protocols in Microbiology 1.16 第21百分位
#55
Virology Reports 1.00 第19百分位
#56
Virus Adaptation and Treatment 1.00 第19百分位
#57
African Journal of AIDS Research 0.88 第16百分位
#58
Future Virology 0.81 第15百分位
#59
Acta Virologica 0.68 第13百分位
#60
African Journal of Clinical and Experimental Microbiology 0.29 第12百分位
#61
International Journal of Virology 0.27 第11百分位
#62
Journal of Bacteriology and Virology 0.25 第8百分位
#63
Molecular Genetics, Microbiology and Virology 0.25 第8百分位
#64
Voprosy Virusologii 0.22 第6百分位
#65
Journal of International Peacekeeping 0.10 第5百分位
#66
Chinese Journal of Microbiology and Immunology 0.08 第3百分位
#67
Infektsionnye Bolezni 0.07 第2百分位
#68
Virologie 0.04 第0百分位

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