Transcriptional sex and regional differences in paired human atrial and ventricular cardiac biopsies collected in vivo.

e

Abstract:

:Transcriptional studies of the human heart provide insight into physiological and pathophysiological mechanisms, essential for understanding the fundamental mechanisms of normal cardiac function and how they are altered by disease. To improve the understanding of why men and women may respond differently to the same therapeutic treatment it is crucial to learn more about sex-specific transcriptional differences. In this study the transcriptome of right atrium and left ventricle was compared across sex and regional location. Paired biopsies from five male and five female patients undergoing aortic valve replacement or coronary artery bypass grafting were included. Gene expression analysis identified 620 differentially expressed transcripts in atrial and ventricular tissue in men and 471 differentially expressed transcripts in women. In total 339 of these transcripts overlapped across sex but notably, 281 were unique in the male tissue and 162 in the female tissue, displaying marked sex differences in the transcriptional machinery. The transcriptional activity was significantly higher in atrias than in ventricles as 70% of the differentially expressed genes were upregulated in the atrial tissue. Furthermore, pathway- and functional annotation analyses performed on the differentially expressed genes showed enrichment for a more heterogeneous composition of biological processes in atrial compared with the ventricular tissue, and a dominance of differentially expressed genes associated with infection disease was observed. The results reported here provide increased insights about transcriptional differences between the cardiac atrium and ventricle but also reveal transcriptional differences in the human heart that can be attributed to sex.

体内收集的配对人心房和心室心脏活检的转录性别和区域差异。

c

摘要:

: 人类心脏的转录研究提供了对生理和病理生理机制的见解,对于理解正常心脏功能的基本机制以及它们如何被疾病改变至关重要。为了更好地理解为什么男性和女性对相同的治疗治疗可能会有不同的反应,了解更多关于性别特异性转录差异是至关重要的。在这项研究中,右心房和左心室的转录组在性别和区域位置进行了比较。纳入 5 例接受主动脉瓣置换术或冠状动脉旁路移植术的男性和 5 例女性患者的配对活检。基因表达分析确定了男性心房和心室组织中 620 个差异表达转录本,女性中 471 个差异表达转录本。总共有 339 的这些转录本在性别上重叠,但值得注意的是,281 在雄性组织中是独特的,162 在雌性组织中是独特的,在转录机制中显示出明显的性别差异。由于 70% 的差异表达基因在心房组织中上调,心房中的转录活性显著高于心室。此外,对差异表达基因进行的通路和功能注释分析显示,与心室组织相比,心房中生物过程的组成更加不均一, 并观察到与感染性疾病相关的差异表达基因的优势。这里报道的结果提供了关于心脏心房和心室之间转录差异的更多见解,但也揭示了人类心脏中可归因于性别的转录差异。

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PHYSIOLOGICAL GENOMICS

研究方向:生物-生理学
IF:3.107
IF值的bai意思是影响因子。是汤森路透(duThomson Reuters)出品的期刊引证报告zhi(Journal Citation Reports,JCR)中的一项数据。 影响因子dao目前的计算方法是:IF=C/(M+N)。以2017年IF的计算为例,M为该期刊2015年发表的文章数量,N为该期刊2016年发表的文章数量,C为该期刊2015和2016年两年发表的文章在2017年这一年被引用的
出版周期: UNITED STATES
中科院分区:Q4 来稿接收率:约 % 审稿周期:偏慢,4-8周
2.40%
YES
1999
1094-8341
出版地区: CiteScore:
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PHYSIOLOGICAL GENOMICS 期刊简介

英文简介:

Physiological Genomics publishes results of a wide variety of studies from human and from informative model systems with techniques linking genes and pathways to physiology, from prokaryotes to eukaryotes. The Journal encourages the submission of research that links genes to cell replication, development, metabolic function, cell signal transduction and intracellular signaling pathways, tissue and organ function, and whole organism function. Physiological Genomics encourages the utilization of approaches ranging from expression profiling, assays for molecular interactions, natural and directed gene alteration, selective breeding studies, gene identification, and the assessment of gene/environment interaction. The Journal welcomes important new technologies and concepts that enhance the study of functional genomics. The Journal encourages publication of new computational approaches, integrative models, and image analysis predictive of gene function. Physiological Genomics also publishes invited reviews and perspectives that enhance the understanding of the link between genetics and physiology. The Journal is committed to rapid peer review to ensure the publication of high-quality papers and timely news and review articles.

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中文简介

生理基因组学公布了从人类和信息模型系统到连接基因和生理途径的技术,从原核生物到真核生物的各种研究结果。该杂志鼓励提交将基因与细胞复制、发育、代谢功能、细胞信号转导和细胞内信号通路、组织和器官功能以及整个生物体功能联系起来的研究报告。生理基因组学鼓励使用表达谱分析、分子相互作用分析、自然和定向基因改变、选择性育种研究、基因鉴定和基因/环境相互作用评估等方法。该杂志欢迎加强功能基因组学研究的重要新技术和概念。该杂志鼓励发表新的计算方法、综合模型和基因功能的图像分析预测。生理基因组学也发表了一些评论和观点,以加强对遗传学和生理学之间联系的理解。期刊致力于快速同行评审,确保发表高质量的论文和及时的新闻评论文章。

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Annual Review of Physiology 14.09 第98百分位
#4
Cell Metabolism 13.45 第97百分位
#5
Bone Research 10.85 第97百分位
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Comprehensive Physiology 7.22 第96百分位
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Antioxidants and Redox Signaling 6.65 第95百分位
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New Phytologist 6.65 第95百分位
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Plant Physiology 6.01 第94百分位
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Journal of Experimental Botany 5.78 第93百分位
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American Journal of Physiology - Cell Physiology 3.20 第74百分位
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Journal of Plant Physiology 3.19 第73百分位
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Psychophysiology 3.12 第72百分位
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Stress 3.07 第70百分位
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Chronobiology International 2.79 第63百分位
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Journal of Physiology and Pharmacology 2.75 第62百分位
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Advances in Microbial Physiology 2.74 第61百分位
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Comparative Biochemistry and Physiology Part - C: Toxicology and Pharmacology 2.69 第60百分位
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Experimental Physiology 2.42 第53百分位
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Physiological Measurement 2.39 第52百分位
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Visual Neuroscience 1.74 第33百分位
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Brazilian Journal of Medical and Biological Research 1.69 第31百分位
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Acta Physiologiae Plantarum 1.67 第30百分位
#119
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Archaea 1.59 第28百分位
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Clinical and Experimental Nephrology 1.57 第28百分位
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High Altitude Medicine and Biology 1.51 第27百分位
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Clinical and Experimental Hypertension 1.33 第23百分位
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Annals of Human Biology 1.28 第21百分位
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General Physiology and Biophysics 1.17 第21百分位
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Biorheology 1.09 第20百分位
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Fish Physiology 1.09 第20百分位
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Acta Histochemica et Cytochemica 0.99 第18百分位
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Behavioral and Brain Sciences 0.98 第17百分位
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Extreme Physiology and Medicine 0.78 第11百分位
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Planta Daninha 0.70 第10百分位
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Uspekhi Fiziologicheskikh Nauk 0.39 第6百分位
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Human Physiology 0.28 第3百分位
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Analele Universitatii din Oradea, Fascicula Biologie 0.13 第2百分位
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Annals of the Romanian Society for Cell Biology 0.09 第1百分位
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Iranian Journal of Plant Physiology 0.06 第0百分位
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Nature Genetics 21.12 第99百分位
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Nature Reviews Genetics 17.21 第99百分位
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Cell Stem Cell 14.07 第99百分位
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Genome Biology 12.66 第98百分位
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Genome Research 11.65 第98百分位
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Nucleic Acids Research 10.84 第98百分位
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Annual Review of Genetics 10.43 第97百分位
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Genes and Development 9.36 第96百分位
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Biochimica et Biophysica Acta - Reviews on Cancer 8.86 第96百分位
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American Journal of Human Genetics 8.34 第96百分位
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Systematic Biology 8.27 第95百分位
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Nature Microbiology 7.82 第95百分位
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Molecular Biology and Evolution 7.65 第95百分位
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Stem Cell Reports 7.13 第95百分位
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Advances in Biological Regulation 7.02 第94百分位
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Genome Medicine 6.61 第94百分位
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Molecular Ecology Resources 6.60 第94百分位
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Annual Review of Animal Biosciences 6.21 第93百分位
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Oncogene 6.19 第93百分位
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PLoS Pathogens 6.05 第93百分位
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Plant Journal 6.01 第92百分位
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Plant Physiology 6.01 第92百分位
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DNA Research 5.84 第92百分位
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Molecular Ecology 5.67 第91百分位
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PLoS Genetics 5.57 第91百分位
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Journal of Medical Genetics 5.46 第90百分位
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Mutation Research - Reviews in Mutation Research 5.46 第90百分位
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Clinical Epigenetics 5.44 第90百分位
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Molecular Therapy 5.44 第90百分位
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Evolutionary Applications 5.34 第89百分位
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Human Molecular Genetics 5.31 第89百分位
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EMBO Reports 5.27 第89百分位
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Biochimica et Biophysica Acta - Gene Regulatory Mechanisms 5.25 第88百分位
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Molecular Oncology 5.23 第88百分位
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Application of Clinical Genetics 5.15 第88百分位
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Current Opinion in Genetics and Development 5.13 第87百分位
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mSystems 5.12 第87百分位
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Genomics, Proteomics and Bioinformatics 5.04 第87百分位
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Epigenetics and Chromatin 5.01 第86百分位
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Journal of Molecular Cell Biology 4.58 第86百分位
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FASEB Journal 4.53 第86百分位
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Human Mutation 4.52 第85百分位
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Translational Oncogenomics 4.50 第85百分位
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PLoS Computational Biology 4.49 第85百分位
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Advances in Genetics 4.47 第84百分位
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Plant Methods 4.47 第84百分位
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Theoretical And Applied Genetics 4.42 第84百分位
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Human Genetics 4.37 第84百分位
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American Journal of Medical Genetics, Part C: Seminars in Medical Genetics 4.28 第83百分位
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Molecular Phylogenetics and Evolution 4.23 第83百分位
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Traffic 4.14 第83百分位
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Cell Discovery 4.12 第82百分位
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Genome Biology and Evolution 4.12 第82百分位
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Genetics 4.02 第81百分位
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BMC Cancer 3.49 第75百分位
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Molecular Human Reproduction 3.48 第75百分位
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BMC Genetics 2.67 第60百分位
#122
Comparative Biochemistry and Physiology - Part D: Genomics and Proteomics 2.67 第60百分位
#123
Infection, Genetics and Evolution 2.67 第60百分位
#124
Insect Molecular Biology 2.67 第60百分位
#125
G3: Genes, Genomes, Genetics 2.66 第59百分位
#126
Gene Regulation and Systems Biology 2.64 第59百分位
#127
Fungal Biology 2.63 第58百分位
#128
Journal of Zoological Systematics and Evolutionary Research 2.63 第58百分位
#129
Mammalian Genome 2.63 第58百分位
#130
Clinical Genetics 2.62 第58百分位
#131
Mutation Research - Fundamental and Molecular Mechanisms of Mutagenesis 2.62 第58百分位
#132
Mutagenesis 2.61 第57百分位
#133
Molecular Breeding 2.55 第57百分位
#134
Genes and Immunity 2.53 第56百分位
#135
International Journal of Genomics 2.52 第56百分位
#136
Chromosome Research 2.50 第55百分位
#137
Journal of RNAi and Gene Silencing 2.50 第55百分位
#138
Pharmacogenetics and Genomics 2.50 第55百分位
#139
Journal of Assisted Reproduction and Genetics 2.49 第55百分位
#140
Journal of Human Genetics 2.47 第55百分位
#141
Experimental Hematology 2.45 第54百分位
#142
Molecular Diagnosis and Therapy 2.45 第54百分位
#143
Gene 2.43 第54百分位
#144
Disease Markers 2.41 第53百分位
#145
Genesis 2.41 第53百分位
#146
Molecular Reproduction and Development 2.41 第53百分位
#147
Plant Pathology 2.40 第52百分位
#148
Yeast 2.36 第52百分位
#149
Cancer Genomics and Proteomics 2.33 第51百分位
#150
Journal of Heredity 2.33 第51百分位
#151
BMC Medical Genetics 2.31 第51百分位
#152
DNA and Cell Biology 2.31 第51百分位
#153
Human gene therapy methods 2.30 第50百分位
#154
OMICS A Journal of Integrative Biology 2.29 第50百分位
#155
Journal of Experimental Zoology Part B: Molecular and Developmental Evolution 2.28 第50百分位
#156
Genetics Research International 2.26 第49百分位
#157
Cancer Biomarkers 2.24 第49百分位
#158
Mutation Research - Genetic Toxicology and Environmental Mutagenesis 2.24 第49百分位
#159
Mobile Genetic Elements 2.22 第48百分位
#160
European Journal of Medical Genetics 2.21 第48百分位
#161
Biomicrofluidics 2.20 第47百分位
#162
Transgenic Research 2.20 第47百分位
#163
Tree Genetics and Genomes 2.20 第47百分位
#164
Transcription 2.18 第47百分位
#165
Pharmacogenomics 2.17 第46百分位
#166
Cancer genetics 2.15 第46百分位
#167
Current Genomics 2.15 第46百分位
#168
Genes to Cells 2.15 第46百分位
#169
Journal of Cardiovascular Translational Research 2.15 第46百分位
#170
Current Plant Biology 2.13 第45百分位
#171
IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics 2.12 第45百分位
#172
Behavior Genetics 2.10 第44百分位
#173
Familial Cancer 2.03 第44百分位
#174
Arthropod Systematics and Phylogeny 2.02 第43百分位
#175
Conservation Genetics 2.02 第43百分位
#176
Journal of Mammalogy 2.01 第43百分位
#177
Current Chemical Genomics and Translational Medicine 2.00 第42百分位
#178
Current Gene Therapy 2.00 第42百分位
#179
Molecular Medicine Reports 1.99 第42百分位
#180
Critical Reviews in Eukaryotic Gene Expression 1.96 第42百分位
#181
Journal of Molecular Evolution 1.91 第41百分位
#182
Development Genes and Evolution 1.90 第41百分位
#183
Marine Genomics 1.90 第41百分位
#184
Immunogenetics 1.88 第40百分位
#185
American Journal of Medical Genetics, Part A 1.86 第40百分位
#186
Journal of Nutrigenetics and Nutrigenomics 1.86 第40百分位
#187
Plant Gene 1.86 第40百分位
#188
Current Protocols in Human Genetics 1.83 第39百分位
#189
BioData Mining 1.81 第39百分位
#190
Cold Spring Harbor Symposia on Quantitative Biology 1.81 第39百分位
#191
FEMS Microbiology Letters 1.80 第38百分位
#192
Molecular Biology Reports 1.80 第38百分位
#193
Euphytica 1.79 第37百分位
#194
Breeding Science 1.78 第37百分位
#195
Reproduction, Fertility and Development 1.75 第37百分位
#196
Archives of Microbiology 1.74 第36百分位
#197
Animal Genetics 1.73 第36百分位
#198
Annals of Human Genetics 1.72 第36百分位
#199
Journal of Neurogenetics 1.70 第35百分位
#200
Journal of Gene Medicine 1.69 第35百分位
#201
Standards in Genomic Sciences 1.69 第35百分位
#202
American Journal of Human Biology 1.68 第35百分位
#203
Genetics and Molecular Biology 1.67 第34百分位
#204
Molecular Syndromology 1.65 第34百分位
#205
Virus Genes 1.65 第34百分位
#206
Biochemical Genetics 1.63 第33百分位
#207
Gene Expression Patterns 1.61 第33百分位
#208
Journal of Animal Science 1.61 第33百分位
#209
New Genetics and Society 1.61 第33百分位
#210
Plant Breeding 1.60 第32百分位
#211
Evolutionary Bioinformatics 1.59 第32百分位
#212
Biodemography and Social Biology 1.58 第31百分位
#213
Journal of Applied Genetics 1.58 第31百分位
#214
Journal of Genetic Engineering and Biotechnology 1.58 第31百分位
#215
Meta Gene 1.57 第30百分位
#216
Systematic Botany 1.55 第30百分位
#217
Physiological and Molecular Plant Pathology 1.54 第30百分位
#218
Tropical Plant Biology 1.54 第30百分位
#219
Genome 1.53 第29百分位
#220
Canadian Journal of Microbiology 1.52 第29百分位
#221
Cytogenetic and Genome Research 1.51 第28百分位
#222
Psychiatric Genetics 1.51 第28百分位
#223
Journal of Agricultural Science 1.43 第28百分位
#224
Comparative Cytogenetics 1.34 第27百分位
#225
International Journal of Plant Genomics 1.33 第27百分位
#226
Journal of Experimental Zoology Part A: Ecological Genetics and Physiology 1.33 第27百分位
#227
Genetic Resources and Crop Evolution 1.32 第26百分位
#228
Genetica 1.32 第26百分位
#229
Annals of Human Biology 1.28 第26百分位
#230
Journal of Forensic Sciences 1.25 第25百分位
#231
Folia Biologica 1.23 第25百分位
#232
Molecular Cytogenetics 1.23 第25百分位
#233
Journal of Computational Biology 1.16 第25百分位
#234
Genes and Environment 1.15 第24百分位
#235
Human Heredity 1.14 第24百分位
#236
Journal of the American Society for Horticultural Science 1.14 第24百分位
#237
Molecular Genetics and Metabolism Reports 1.12 第23百分位
#238
Genomics Data 1.09 第23百分位
#239
Journal of Huazhong University of Science and Technology - Medical Science 1.08 第23百分位
#240
Journal of Structural and Functional Genomics 1.04 第22百分位
#241
Journal of Stem Cells 1.02 第22百分位
#242
Genome Announcements 1.01 第22百分位
#243
Archives Animal Breeding 0.98 第21百分位
#244
Genetical Research 0.98 第21百分位
#245
Frontiers of Biology in China 0.97 第21百分位
#246
Journal of Phytopathology 0.96 第20百分位
#247
Methods in Molecular Biology 0.96 第20百分位
#248
International Journal of Immunogenetics 0.95 第20百分位
#249
Genetics and Molecular Research 0.94 第19百分位
#250
Nucleosides, Nucleotides and Nucleic Acids 0.94 第19百分位
#251
Acta Crystallographica Section F:Structural Biology Communications 0.93 第19百分位
#252
Plant Cell Monographs 0.90 第18百分位
#253
Genes and Genetic Systems 0.87 第18百分位
#254
Biologia (Poland) 0.86 第17百分位
#255
IET Systems Biology 0.86 第17百分位
#256
Statistical Applications in Genetics and Molecular Biology 0.86 第17百分位
#257
Turkish Journal of Biology 0.85 第17百分位
#258
Vitis - Journal of Grapevine Research 0.83 第16百分位
#259
Animal Science Papers and Reports 0.81 第16百分位
#260
International Journal of Molecular and Cellular Medicine 0.80 第16百分位
#261
HLA 0.75 第15百分位
#262
Journal of Horticultural Science and Biotechnology 0.75 第15百分位
#263
Journal of Genetics 0.74 第15百分位
#264
Plant Genetic Resources: Characterisation and Utilisation 0.72 第15百分位
#265
Journal of Plant Registrations 0.71 第14百分位
#266
Czech Journal of Genetics and Plant Breeding 0.67 第14百分位
#267
Human Biology 0.66 第14百分位
#268
Forensic Science International: Genetics Supplement Series 0.65 第13百分位
#269
Stem Cell Investigation 0.65 第13百分位
#270
Genes and Genomics 0.64 第13百分位
#271
Cereal Research Communications 0.62 第12百分位
#272
Caryologia 0.59 第12百分位
#273
Conservation Genetics Resources 0.59 第12百分位
#274
Maydica 0.59 第12百分位
#275
International Journal Bioautomation 0.56 第11百分位
#276
Current Bioinformatics 0.55 第11百分位
#277
Balkan Journal of Medical Genetics 0.51 第10百分位
#278
Journal of Crop Improvement 0.51 第10百分位
#279
Molluscan Research 0.51 第10百分位
#280
Genomics Insights 0.50 第9百分位
#281
Genetika 0.49 第9百分位
#282
Iranian Journal of Biotechnology 0.49 第9百分位
#283
Russian Journal of Genetics 0.49 第9百分位
#284
Indian Journal of Genetics and Plant Breeding 0.45 第8百分位
#285
Cytologia 0.42 第8百分位
#286
Sabrao Journal of Breeding and Genetics 0.41 第7百分位
#287
Nucleus (India) 0.40 第7百分位
#288
Genome Integrity 0.38 第7百分位
#289
Gene Reports 0.37 第6百分位
#290
Revista Fitotecnia Mexicana 0.36 第6百分位
#291
Agri Gene 0.35 第6百分位
#292
Chinese Journal of Applied and Environmental Biology 0.35 第6百分位
#293
Ecological Genetics and Genomics 0.33 第5百分位
#294
Journal of Integrated OMICS 0.33 第5百分位
#295
Russian Journal of Genetics: Applied Research 0.32 第5百分位
#296
Mitochondrial DNA Part B: Resources 0.30 第4百分位
#297
Cytology and Genetics 0.28 第4百分位
#298
Mitochondrial DNA Part A: DNA Mapping, Sequencing, and Analysis 0.25 第3百分位
#299
Molecular Genetics, Microbiology and Virology 0.25 第3百分位
#300
Journal of Biotech Research 0.22 第3百分位
#301
In Silico Biology 0.20 第3百分位
#302
Forum on Immunopathological Diseases and Therapeutics 0.18 第2百分位
#303
Medizinische Genetik 0.17 第2百分位
#304
Analele Universitatii din Oradea, Fascicula Biologie 0.13 第1百分位
#305
Epigenetics and Human Health 0.13 第1百分位
#306
Current Pharmacogenomics and Personalized Medicine 0.11 第1百分位
#307
Genetics in the Third Millennium 0.09 第1百分位
#308
Iranian Journal of Plant Physiology 0.06 第0百分位
#309
Japanese Journal of Crop Science 0.06 第0百分位
#310
Cardiogenetics 0.00 第0百分位

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