分子诊断与治疗杂志
Journal of Molecular Diagnosis and Therapy 분자진단여치료잡지
- 主管单位： 中山大学
- 主办单位： 中山大学
- 影响因子： 0.65
- 审稿时间： 1个月内
- 国际刊号： 1674-6929
- 国内刊号： 44-1656/R
- 论文标题 期刊级别 审稿状态
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一种基于液相基因芯片技术对甲型和乙型流感病毒分型检测方法的建立
目的 建立能够对甲型流感病毒(influenza virus A,INFA)和乙型流感病毒(influenza virus B,INFB)进行区分的液相基因芯片技术,为甲型和乙型流感病毒的分型提供一种高通量、高灵敏度的检测和鉴定方法. 方法 从NCBI的GenBank下载具有代表性的流感病毒基因组序列,利用生物信息学软件BioEdit进行序列比对,分别设计针对INFA和INFB的简并引物和特异性探针,将设计好的引物和探针与GenBank中所有的基因序列进行比对,以验证其特异性.经探针合成、悬浮液相芯片制备和检测条件的优化获得用于甲型和乙型流感病毒分型的液相基因芯片. 结果 所检测INFA和INFB均可获得特异性杂交信号,非特异性杂交信号不明显,将2种病毒混合,模拟混合病毒感染也可以得到相应的特异性杂交信号.灵敏度评估结果表明INFA的检测灵敏度为1～10空斑形成单位(plaque forming unit,pfu),而INFB为10～100 pfu.将本方法用于检测11份临床样本,其结果与荧光定量分型逆转录聚合酶链反应(reverse transcriptase-polymerase chain reaction,RT-PCR)检测方法的结果一致. 结论 本研究初步建立了INFA和INFB的液相基因芯片检测技术,可用于流感病毒的初步筛查和鉴定,并且可以进行混合感染样本的检测,为流感病毒的分型和鉴定提供了一种新的手段.
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32497例正常听力孕龄女性耳聋基因携带率与突变谱调查
目的 在正常听力孕龄人群中开展耳聋基因携带率与突变谱调查,为耳聋基因筛查、遗传咨询、疾病管理提供数据. 方法 32 497例听力正常且无耳聋家族史的孕龄女性在我院医学遗传中心门诊接受遗传咨询后,接受耳聋基因芯片筛查.对于检测结果提示为常染色体隐性遗传耳聋基因突变携带者,建议其配偶进行进一步耳聋基因检测.对于夫妇均为耳聋基因突变携带的家庭,给予遗传咨询与风险评估,必要时提供产前耳聋基因诊断. 结果 32 497位听力正常且无耳聋家族史的孕龄女性中,1 181例携带遗传性耳聋基因突变,携带率为3.63％.其中,1 117例携带常染色体隐性遗传的耳聋基因杂合突变,包括4种常见的GJB2基因突变665例,2种常见的SLC26A4基因突变407例,GJB3基因突变45例.此外,64例携带与氨基糖甙类药物诱导性耳聋密切相关的线粒体DNA 12S rRNA基因突变. 结论 在正常听力的孕龄人群中开展耳聋基因携带率与突变谱的研究,对优生优育与遗传咨询具有重要意义.
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乙型脑炎病毒的实时荧光定量逆转录PCR检测方法的建立
目的 建立一种可以准确、快速、特异检测乙型脑炎病毒(Japanese encephalitis virus,JEV)的一步法实时荧光定量逆转录PCR (reverse transcription-quantitative real time PCR,RT-qPCR)体系. 方法 参照NCBI数据库的乙脑病毒全基因组序列,经过一致性比对分析,在乙脑病毒保守的3'非翻译区(3'untranslated region,3'UTR)区段,设计相应的特异性引物以及Taqman-MGB探针,优化检测体系及反应条件,建立一步法RT-qPCR方法.利用登革热、森林脑炎病毒、肠道病毒71型(EV71)、柯萨奇病毒A16型(CoxA16)、狂犬病毒培养物和临床诊断为登革热及手足口病人的血清样本检测其交叉反应.选择15例疑似脑炎症状的病人血清样本,以国家食品药品监督管理总局(CFDA)批准的乙脑病毒检测试剂盒作对照试剂盒,检测其临床适用性. 结果 所建立的乙脑病毒一步法RT-qPCR检测方法重复性试验Ct值的变异系数CV在0.46％～0.53％之间,低可检出5 copies/反应样本.检测体系与登革热、森林脑炎病毒等黄病毒及EV7I、CoxA16、狂犬病毒培养物等未发现交叉反应;64份临床诊断为登革热和手足口病人的血清样本检测也均为阴性.15份疑似乙脑感染的病人血清样本的检测结果与国家食品药品监督管理总局批准的乙型脑炎病毒检测试剂盒检测结果一致,但本方法操作步骤更少,检测时间更短. 结论 本实验建立的乙型脑炎病毒一步法实时荧光RT-qPCR检测方法具有较高灵敏度、特异性,可用于乙型脑炎病毒的检测.
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曼氏迭宫绦虫cathepsin L样蛋白酶的生物信息学分析
目的 通过生物信息学预测曼氏迭宫绦虫cathepsin L样蛋白酶(Smcathepsin L样蛋白酶)的生物学特征及其潜在功能和结构,为下一步Smcathepsin L样蛋白酶参与寄生虫和宿主相互作用过程研究提供依据. 方法 通过NCBI的ORF finder工具对Smcathepsin L样蛋白酶的开放阅读框(ORF)进行分析,利用ExPASy网站进行蛋白的物理化学参数、信号肽、跨膜螺旋和潜在分子生物学功能的预测,通过NCBI/BLAST对蛋白保守功能域进行预测.从NCBI网站获取不同物种的cathepsinL样蛋白酶序列,并利用Vector NTI suit 8.0和TreeView软件进行分析.利用SWISS-MODEL网站和SPDBV4.10软件分析Smcathepsin L样蛋白酶的三维空间结构. 结果 Smcathepsin L样蛋白酶是一个全长基因,编码336个氨基酸.蛋白由2个典型的cathepsin L样蛋白酶结构域组成,序列当中有信号肽,是一个稳定的可溶性蛋白分子.三维空间立体结构分析结果显示Smcathepsin L样蛋白酶是一个保守的蛋白.Smcathepsin L样蛋白酶编码氨基酸序列与细粒棘球绦虫、链状带绦虫、多房棘球绦虫和人的cathepsin L样蛋白酶基因的同源性分别是50％、50％、49％和46％.分子进化分析显示SmcathepsinL样蛋白酶与日本血吸虫、多房棘球绦虫和链状带绦虫亲源性更近,而与其他物种,例如原虫、线虫和哺乳动物亲源性较远. 结论 Smcathepsin L样蛋白酶可能是一个潜在的分泌蛋白,该蛋白能在胞外发挥作用,即在寄生虫的消化、转移、入侵及宿主-寄生虫相互作用中起着重要的作用,是一个具有潜在研究价值的多功能分子.
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实时荧光定量PCR检测急性髓系白血病miR-125b的表达及临床应用
目的 采用实时荧光定量聚合酶链反应(real-time quantitative polymerase chain reaction,qPCR)法检测急性髓系白血病(acute myeloid leukemia,AML)中微小RNA-125b(microRNA-125b,miR-125b)转录本含量,初步评价其在AML临床诊断中的意义. 方法 建立扩增miR-125b转录本的SYBR Green I染料法qPCR,对miR-125b转录本克隆质粒进行扩增,评价其在AML诊断中的特异性、重复性和灵敏性.并对69例AML患者的骨髓单个核细胞标本进行初步检测并评价其临床相关性. 结果 该方法能定量检测骨髓标本中miR-125b的表达水平,熔解曲线呈单峰,在108～ 103 copies/μL范围内有良好的线性关系(R2=0.999)并且检测重复性良好.结果显示69例AML患者中miR-125b表达水平明显高于25例对照组,差异有显著统计学意义(P=0.001).在初发AML的不同亚型中,M3型的miR-125b表达水平高于其他亚型,差异有统计学意义(P＜0.05).miR-125b表达水平与非M3型AML患者的年龄、性别、外周血白细胞计数、血小板计数、血红蛋白含量、FAB分型、核型分组之间均无相关性(P＞0.05).4例初诊AML患者在获得完全缓解后miR-125b表达水平均较治疗前有所降低. 结论 所建立的实时荧光定量PCR方法能敏感、特异地检测骨髓单个核细胞标本中miR-125b的表达水平,为进一步临床应用研究奠定了方法学基础.miR-125b异常高表达是AML中的一个常见分子事件,检测其表达可能有助于AML患者的辅助诊断和疾病状态监测.
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全外显子及靶向文库捕获测序在多囊肾病基因诊断中的应用比较
目的 比较全外显子和靶向文库捕获高通量测序对多囊肾病相关基因的检测效率.方法 对6份多囊肾病标本(包括一份低比例嵌合变异标本)分别进行全外显子捕获或靶目标捕获2种方法建立文库,Illumina HiSeq 2000仪器连续双向测序.结果 以PKD1、PKD2和PKHD1 3个基因作为目标序列,靶向捕获法平均测序深度为190倍,5倍以上测序深度占全部有效序列的85.59％,靶区域覆盖度95％以上,但PKD1第一外显子仍有200～300 bp区域不能覆盖;全外显子捕获法平均测序深度为28.34倍,5倍以上测序深度占全部有效序列的55.35％,目标区域覆盖度较低,PKD1外显子覆盖度小于40％. 结论 靶向文库捕获测序法具有较高的敏感性、准确性,更适合PKD基因变异的检测,但高通量测序技术对PKD1基因检测仍有不足之处.
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硫酸去氢表雄酮定量测定试剂盒(化学发光免疫分析法)的研制及性能评价
目的 研制硫酸去氢表雄酮定量测定试剂盒(化学发光免疫分析法),并对其试剂盒性能进行评价. 方法 利用竞争抑制法,对原料进行筛选.建立硫酸去氢表雄酮定量测定试剂盒.并分别对本试剂盒的准确性、低检测限、线性、重复性、特异性、参考范围及样本对比方面进行评价.结果 经过筛选,选用反应模式:磁微粒包被羊抗鼠IgG-鼠抗硫酸去氢表雄酮单克隆抗体-吖啶酯标记DHEAS-BSA;对此方法建立的试剂盒进行方法学评价,低检测限可达1.84 μg/dL,线性在0～1 500 μg/dL之间,相关系数r=0.999 8,准确度的回收率为105.38％,重复性均小于8％;建立了健康人参考范围(女性:47.9～407.5 μg/dL,男性97.1～522.5 μg/dL),与西门子ADVIA Centaur测定结果显著相关,线性方程为y=1.078 13+0.992 16x,相关系数r=0.994 7,2种试剂盒的测定结果具有较高的一致性. 结论 本研究建立的硫酸去氢表雄酮定量测定试剂盒(化学发光免疫分析法)各项性能均达到了临床检验的要求,为国产化66硫酸去氢表雄酮定量测定试剂盒(化学发光免疫分析法)的研发奠定了基础,有望用于临床血清硫酸去氢表雄酮的检测.
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高通量检测技术对假肥大型肌营养不良分子诊断的研究
目的 利用高通量检测技术对假肥大型肌营养不良(DMD/BMD)患者进行分子诊断,检测DMD基因上各种类型的变异,评估组合的分子诊断技术应用于假肥大型肌营养不良患者的价值.方法 对106例临床疑似为假肥大型肌营养不良的患者,利用CNVplex(R)技术检测致病基因拷贝数变异,同时利用靶向捕获及高通量测序检测致病基因单核苷酸水平变异,对患者进行精确的分子诊断. 结果 通过组合的高通量检测技术,检测到其中85例患者存在DMD基因的致病性变异,包括62例不同大小的外显子缺失和重复,9例单核苷酸水平小缺失和重复,8例无义变异,2例错义变异和2例剪接位点变异. 结论 分子诊断对假肥大型肌营养不良患者意义重大,组合的高通量检测技术能检测到不同类型的致病基因变异,精确的分子诊断结果对假肥大型肌营养不良患者的诊断和家系的遗传咨询有着重要意义.
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基于三引物荧光PCR-毛细管电泳法的FMR1基因突变检测技术建立及其在自闭症辅助诊断中的应用
目的 对自闭症患者FMR1基因5'非编码区CGG重复序列及重复数进行检测,探索检测脆性X综合征的新方法. 方法 应用三引物荧光PCR-毛细管电泳法(Qseq100TM全自动核酸分析系统检测)对111例自闭症患者进行筛查,检测其FMR1基因5'非编码区CGG序列,计算CGG重复数,并与ABI 3500Dx基因分析仪毛细管电泳测序法进行结果比较验证. 结果 111例临床检测为自闭症的样本中,有2例为FMR1前突变携带者,一例为中间型.与3500Dx毛细管电泳测序结果一致. 结论 三引物荧光PCR-毛细管电泳法能够用来检测FMR1基因5'非编码区CGG重复序列,在脆性X综合征发病机制及大规模携带者筛查方面都具有一定的应用价值.
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中国人群常见的药物代谢相关基因多态位点及其检测方法
药物代谢个体差异的一个重要来源是遗传多态性即药物代谢相关基因的多态性.中国人群中药物代谢酶基因多态性的系统性分析已发现了很多潜在的功能性多态性位点,因此建立起针对中国人群的药物代谢酶基因多态性的检测技术,对常见的药物代谢相关基因多态位点的检测以及针对这些多态性位点建立个性化用药技术具有重要的意义.检测药物代谢基因多态性大多采用传统的聚合酶链式反应(PCR)和限制性片段长度多态性(RFLP)等方法,随着基因诊断的快速发展,高通量、快速准确的基因多态性检测方法开始发展起来,如基因芯片法、下一代测序技术等.本文对药物代谢酶基因多态性位点及其检测方法进行综述.
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下一代测序技术在胚胎植入前遗传学检测中的应用
以下一代测序技术(next-generation sequencing,NGS)为代表的基因组学技术的迅猛发展给全面深度的染色体筛查和基因诊断提供了机会.NGS也迅速应用于胚胎植入前遗传学诊断(preimplantation genetic diagnosis,PGD)和胚胎植入前遗传学筛查(preimplantation genetic screening,PGS)临床检测中,成为常规检测技术,经济与可靠使其具有更广阔的应用前景.单细胞全基因组扩增(whole genome amplification,WGA)技术的进步使得NGS在PGD和PGS的临床应用中能够更加全面了解植入前胚胎的遗传学信息,可以检测到更加细微的差异;基于NGS技术的PGS和PGD将给移植成功率和试管婴儿(in-vitro fertilization,IVF)出生率带来明显提升.本文主要介绍PGD/PGS的定义、传统的PGD/PGS检测技术,单细胞全基因组扩增技术以及NGS在PGD/PGS中的应用.
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染色体非整倍体无创产前检测技术质控要点及临床应用进展
基于下一代测序(next generation sequencing,NGS)技术的染色体非整倍体无创产前检测技术是产前诊断领域的重要突破,其检测原理简单、技术灵敏度和准确性很高,已成为目前非整倍体产前筛查发展及推广的主要方向.但由于NGS技术检测流程复杂,影响因素较多,需要在样本采集、运输、核酸提取、文库构建、上机测序、数据分析各个关键节点进行质控.同时,由于其试剂成分复杂、技术难度大、社会关注度高,也需对注册产品指标进行明确.鉴于此,本文对染色体非整倍体无创产前检测技术质控要点、产品规范要求及临床应用状况进行简要评述.
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体外诊断试剂临床试验核查要点解析
国家食品药品监督管理总局根据《医疗器械监督管理条例》、《医疗器械注册管理办法》(食品药品监管总局令第4号)、《体外诊断试剂注册管理办法》(食品药品监管总局令第5号)、《医疗器械临床试验质量管理规范》以及体外诊断试剂临床试验技术指导原则等相关要求,制定了《医疗器械临床试验现场检查要点(2016年)》.
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